Masalah pertama yang langsung dihadapi Sultan Qaboos ialah pemberontakan bersenjata dari kaum Komunis di Yaman Selatan, iaitu Pemberontakan Dhofar. Baginda bagaimanapun berjaya mengalahkan serangan tersebut atas bantuan beberapa negara.

Sultan Qaboos mengamalkan monarki mutlak. Namun dalam beberapa tahun terakhir, Oman telah mengambil kebijakan ke arah demokrasi. Pemilihan parlimen secara bebas dan adil telah menghadirkan calon dan suara perempuan. Atas dukungan tersebut, Sultan kemudian bersumpah untuk turut serta dalam pemerintahan. Banyak keputusan yang diambil di dalam negeri dilaksanakan melalui persetujuan dengan pemerintahan persekutuan, wilayah, tempatan dan wakil-wakil suku.

Tahun 1992 (1412H), Sultan Qaboos memerintahkan pembangunan masjid di wilayah Bausher di muhafazah Muscat. Ketika Sultan naik tahta pada 1970, baginda telah mendirikan sebuah masjid sederhana di Muscat, namun pada 1992, baginda titah berkenan hendakkan dibuatkan rancangan untuk masjid terbesar di dunia. Masjid tersebut dibuat berdasarkan seni dan seni bina Islam yang terbaik yang bukan hanya dari satu negara atau satu tradisi Islam saja. Ciri khas gaya pemerintahan Sultan Qaboos, Masjid Agung ini mahupun 2000 masjid lainnya dibangun dengan dana peribadi Sultan. Pada 5 Mei 2001, setelah enam tahun dalam pembinaan, Sultan Qaboos akhirnya bersolat di masjid negara Oman ini.